Étape 2 : l'isolement du produit

À l’issue de l’étape de transformation chimique (étape 1), le milieu réactionnel contient en général un mélange d’espèces chimiques, le produit de synthèse, et, éventuellement :

• le solvant ;
• des réactifs en excès ;
• d'autres produits de réaction (attendus ou non) ;
• le catalyseur ;
• etc.

Il faut donc réussir à isoler le produit désiré de ce milieu réactionnel : c'est l'étape d'isolement. La manière de procéder dépend notamment de l'état physique du produit et de ses propriétés physico-chimiques.